La fuente más lejana del lago Victoria es el río Kagera, localizado al oeste de Tanzania. Si se considera este como fuente del Nilo, su nacimiento sería el curso de agua más largo de los que desembocan en el Mediterráneo, siendo el Nilo-Kagera el segundo río más largo del mundo, con una longitud de 6756 kilómetros.

El Nilo tomó su actual configuración al final de la Era Terciaria. Está ubicado al nordeste del continente. Nace en Burundi y tiene dos afluentes principales: el Nilo Blanco y el Nilo Azul. El primero atraviesa los Grandes Lagos de África, teniendo su fuente más distante en Ruanda, y fluye hacia el norte por Tanzania, el lago Victoria, Uganda, Sudán del Sur y Sudán, mientras que el Nilo Azul comienza en el lago Tana, en Etiopía, y fluye a lo largo del sudeste de Sudán. Ambos se encuentran cerca de la capital sudanesa, Jartum.

La parte del norte del río fluye casi completamente por el desierto, entre Sudán y Egipto, una zona cuya civilización ha dependido del río desde hace milenios. La mayor parte de la población de Egipto y todas sus ciudades —a excepción de las del delta del Nilo y los oasis— se encuentran a lo largo del valle del Nilo (al norte de Asuán), y la mayoría de los lugares de interés cultural e histórico se hallan a lo largo de las riberas del río. La desembocadura del río conforma el delta del Nilo, que desemboca en el mar Mediterráneo.

El Nilo fue un elemento fundamental para el florecimiento de la civilización del Antiguo Egipto. La mayor parte de sus ciudades se encontraban en el valle del Nilo y el Delta, al norte de Asuán. El Nilo fue vital para la cultura egipcia desde la Edad de Piedra. El cambio del clima y la desertización desecaron las tierras de caza y pastoreo del África septentrional para conformar el desierto del Sáhara, en torno al 8000 a. C.; entonces, muchos habitantes migraron y se asentaron junto al río Nilo, en donde desarrollaron una economía agrícola y una sociedad centralizada. La superficie del río Nilo se ha congelado al menos en dos ocasiones a lo largo de la historia, en 829 y en 1010.

Antiguo Egipto

El sustento jugó un papel crucial en la fundación de la civilización egipcia y el Nilo fue una fuente inagotable del mismo. El Nilo, cuando se desbordaba cada año, hacía que sus riberas fuesen sumamente fértiles. Fue gracias a eso que los egipcios fueron capaces de cultivar trigo, cebada y lino, además de aportar el río abundante pescado y papiro. Todo esto posibilitaba obtener alimento suficiente para toda la población y otros importantes recursos, con lo que se evitaban en general posibles hambrunas, muy frecuentes en el Próximo Oriente debido a la irregularidad de las cosechas. También, el agua del Nilo atrajo al búfalo de agua y, después de que los persas lo introdujesen en el siglo VII a. C., al camello. Estos animales podían ser matados a fin de consumir su carne, podían ser capturados, domesticados, usados para arar e incluso para viajar en el caso de los camellos. El Nilo era también una vía eficiente y cómoda de transporte de mercancías y personas: se utilizaba como vía fluvial para transporte comercial o recreativo.

Gracias a la obtención de lino y trigo posibilitada por el Nilo y sus crecidas, Egipto tuvo una buena relación diplomática con otros países, con lo que el río contribuía a la estabilidad económica y política del país. Además, proporcionaba los recursos necesarios como el alimento o el dinero para poseer un ejército. La leyenda decía que el faraón era el responsable de las inundaciones del Nilo, y que a cambio del agua y las cosechas los campesinos debían cultivar el suelo fértil enviando después una parte de sus recursos al propio faraón, que se encargaba de usarlos en bien de la sociedad. El Nilo era también una fuente espiritual, ya se creó un dios dedicado a la bondad de la inundación anual, el dios Hapy, que junto al Faraón controlaba la crecida. Además se consideró al río como una calzada de la vida hasta la muerte.

El historiador griego, Heródoto, escribió que «Egipto era el don del Nilo». Sin la irrigación posibilitada por las aguas del Nilo, la civilización egipcia probablemente habría sido efímera. El Nilo proporcionó los elementos que posibilitaron la eclosión y desarrollo de una gran civilización que perduró tres mil años. El comercio ha sido continuo en el Nilo desde hace miles de años, como podemos ver en el hueso de Ishango, posiblemente la prueba más conocida de la multiplicación por duplicación egipcia que fue descubierto cerca del lago Eduardo, en el noreste del Congo y que fue datado hacia el año 20 000 a. C.

Nilo inferior: Delta del Nilo

Esta zona que abarca principalmente el delta del Nilo es el territorio conformado por los fértiles depósitos aluviales del río Nilo desde Asuán hasta desembocar en el mar Mediterráneo y está compuesto por canales que irrigan el valle y la depresión de Fayum, siendo posible navegar por el río. El delta está al norte de Egipto y tiene forma de letra griega Delta (Δ), de ahí el nombre dado por los antiguos griegos.

Es uno de los deltas más grandes del mundo, abarcando aproximadamente desde Alejandría, en el oeste, a Puerto Saíd, en el este, con 230 km de costa mediterránea, y hasta la ciudad de El Cairo, por el sur. Es una región fértil, muy apta para la agricultura y densamente poblada. En el Antiguo Egipto estas tierras eran denominadas el Bajo Egipto.

Hasta la construcción de la presa de Asuán, se estima que el delta aumentaba de superficie una media de un kilómetro cuadrado anualmente, o unos cuatro metros de longitud, a causa del aporte de limos. Desde épocas de la primera dinastía el delta ha incrementado su superficie unos tres mil kilómetros cuadrados.